自然流产后肚子疼主要是原因由以下几种原因导致的：

1、不全流产：不全流产就是流产手术中未能将宫腔内的绒毛及蜕膜组织全部清除干净。术后子宫为了将剩余的后肚胚胎组织排出宫外，而发生阵性收缩。原因此时患者腹痛阵发性发作，流产发作时疼痛难忍，后肚并有阴道出血量增多，原因颜色鲜红，有大血块，血块排出后腹痛减轻，如此反复发作。出现不全流产时一般要做清宫术，将宫腔内残留的胚胎组织刮出，腹痛自然消失。

2、宫腔积血：多发生在术后几小时内，患者腹痛难忍，如刀割样，阴道内有少量血水流出妇科检查发现子宫增大明显，质软，有触痛。宫腔积血发生的人数也很少，子宫位置过度倾曲、宫颈口过紧的妇女容易发生。

3、子宫穿孔：这是打胎中发生的一种很严重的并发症。穿孔时患者多有突然剧烈腹痛，少部分人也可以没有明显感觉。子宫穿孔引起的腹痛为持续性，阴道有少量出血，如果合并有内出血，可以引起腹膜刺激征：腹痛拒按，压痛、反跳痛同时存在。子宫穿孔发生的机会很少，易发生在子宫位置过度倾曲或剖腹产一年内再孕的妇女，或多次频繁行人工流产术的妇女。

自然流产后肚子疼的原因，以上的内容具体作了阐述，所以在全面了解阐述以后，为了自己尽快的康复，一定要到大医院全面地进行检查，检查出现的原因以后，可以通过正确的治疗方法，尽快的让自己自然流产后肚子疼，通过治疗尽快的康复。